秘密設立並取得聯合國認可的研究機關：迦勒底。在迦勒底裡結合了各種技術．觀測人類一百年之後的歷史，確保人類的時代能永遠存活下去。迦勒底在某一次觀測時，發現人類歷史突然在２０１６年７月滅絕。查究原因，研究員認為與同一次觀察時、同樣突然在時間軸上出現的詭異「特異點」有關。為了延續人類歷史，迦勒底招募了藤丸立香在內的４８名可以進行靈子轉移的人類，前往過去調查與修正「特異點Ｆ」。但這４８名適合者在進行初次靈子轉移前，迦勒底就發生了爆炸案，而且還是人為造成的。在只剩藤丸立香能進行靈子轉移的情況下，成為半英靈瑪休的御主，並在已經異變的冬木市尋找造成異變的聖杯。